其實挑選到一款合適的建庫試劑盒，是自己建庫的第一步。但市面上的建庫試劑盒種類多樣，我們應該如何選擇呢？關注下面十個回答，你的選擇就不會錯！

第一問

需要建庫的樣本是DNA，還是RNA？

DNA建庫和RNA建庫原理截然不同！ 目前市面上主流的測序儀，無論是二代illumina、BGIseq，還是三代的Pacbio，其測序原理都是針對DNA的！

因此對于RNA測序，建庫過程中反轉錄這一步必不可少。

如果您的樣本是RNA，或者您需要研究的對象是轉錄組，那么務必選擇針對于RNA的建庫試劑盒！一般此類試劑盒都會在名稱中顯著標注RNA的，一點不難找。

第二問

需要測序的樣本究竟是某種擴增子，還是所有DNA片段？

擴增子測序，是指對樣本DNA中某一種特定的核酸片段利用引物擴增的方法抓取出來后，再繼續進行測序的方法。常見的應用如16S擴增子測序和ITS擴增子測序。相比于直接進行所有DNA片段的測序，擴增子測序有一個通過PCR的信號放大作用，能夠更好的抓取目標片段，并去除宿主DNA（如人）。目前，16S擴增子測序已被較普遍的應用于臨床樣本和環境樣本的微生態調查和病原菌篩查等工作。

擴增子測序除敏感性高外，其另一個優點是建庫成本較為便宜。

然而，有一利就有一弊，雖然擴增子測序擁有敏感度高和成本便宜的優點，其缺點也同樣顯著。

缺點1：只能針對某一類物種。如16S擴增子，只能針對細菌，不能涵蓋真菌、真核生物等。

缺點2：信息量有限。一個基因的擴增子能揭示的問題有限，如16S擴增子測序研究，一般只能回答樣本中有什么物種，卻不能回答這些物種的耐藥性或致病性等問題。

到底選擇擴增子測序還是所有DNA一起測序，還是要根據您的科研目的來決定了~

第三問

計劃采用哪個測序平臺進行測序？

您是打算用二代測序，還是三代測序呢？

二代測序優點是：通量大，價格相對便宜。

三代測序的優點是：讀長長，容易拼接成基因組完成圖，但價格較貴。

即使同為二代測序平臺，也有illumina、BGIseq、Iontorrent等廠家的區別，不同廠家的測序平臺的建庫試劑盒的選擇也截然不同，好在一般在試劑盒適用性上有明顯標注，還是比較好區分的。

第四問

計劃采用哪種樣本打斷方法？

二代測序由于其測序讀長較短的特點，在建庫過程中需要把樣本DNA打斷成合適長度的片段（一般為300~700bp）。目前的打斷方法主要分為三種（1）超聲波打斷法；（2）酶打斷法；（3）PCR擴增片段選擇法。

第五問

DNA起始濃度

即使是相同廠家的各款建庫試劑盒，其適用性也有區別。一個比較重要的分類方法，就是基于DNA起始濃度分類。

第六問

擬計劃建庫的樣本數，即所需試劑盒的規格

目前市面上的建庫試劑盒一般分為24rxn和96rxn兩種規格，即可適用于24個樣本的建庫實驗和96個樣本的建庫實驗。

前者總價低，但單個樣本均價高。

后者總價高，但平均下來，每個樣本所需的價格低。

到底選哪種，還是要看您計劃建庫的樣本數來決定了。

第七問

計劃一次上機的樣本數，即Barcode的規格

Barcode，即標簽，是在建庫過程中插入DNA片段，用于區別樣本和樣本間的分子標志。一般建庫試劑盒中不包含，需額外采購或合成標簽試劑盒。

根據計劃上機的樣本數，所需的標簽試劑盒種類也會相應變化。例如，一次上機僅測序一個樣本，那么就不需要配套額外的標簽試劑盒。如果一次上機需要測序少數的樣本（2~24個），那么可選用24規格的標簽試劑盒。如果上機的樣本數更多，則需選擇更大規格（如96規格）的標簽試劑盒。

第八問

進口的or國產的

早期的建庫試劑盒大多是進口的，這兩年國產的建庫試劑盒也逐漸成熟。整體來說，還是進口的貴，國產的便宜。

第九問

配套試劑是否準備齊全

除了建庫試劑盒，整個建庫過程還需要很多額外的耗材和試劑需要準備。

例如，假如是采用打斷法建庫，你需要額外配置適用于打斷儀的打斷管。

假如建庫過程中包含磁珠純化，還需要采購Ampure純化磁珠。

假如protocal中包含定量過程，你需要Qubit或RT-PCR的配套試劑（取決于你采用哪種定量方法）~

這些準備雖然瑣碎，但完成整個實驗缺一不可，建庫實驗開始前還需仔細檢查配備。

第十問

如何完成文庫質控

筆者強烈推薦自己做文庫質控，即使是外送測序，自己做質量控制也更為可控。文庫的質量控制主要分為定量和定性兩種。

定量：看文庫的濃度夠不夠，一般采用Qubit或RT-PCR方法。

定性：看文庫的片段長度是否合適，一般采用安捷倫2100或類似產品。

根絕這10個問題去選擇建庫試劑盒，你的實驗事半功倍哦。