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如果您的文庫制備試劑盒不是專注于病毒原體測序,那么您可能正在丟失一些數據。
RT-PCR可以在COVID-19患者的鼻腔或咽喉拭子樣本中檢測到像SARS-CoV-2這樣的病毒病原體,但只有通過詳細的、基于測序的分析才能了解病毒的性質和突變以及由此引起的疾病狀態。宏基因組測序(mNGS)提供了病原體完整基因組的視角,包括關于病毒起源、發病機制、遺傳變異、免疫反應和系統發育等信息。
病原菌測序的起始樣本幾乎總是質量不穩定,至少有一部分樣本被降解或低濃度,有一部分不可避免地低于目前許多擴增技術的檢測閾值。
用Revelo?RNA-Seq文庫制備試劑盒對鼻腔拭子樣本中的SARS-CoV-2進行高靈敏度檢測和鑒定。
Revelo RNA- seq在處理鼻拭子樣本低質量病毒RNA中的應用
一種前沿的擴增方法有效地解決了起始量的挑戰,增加了檢測靈敏度,特別是無癥狀攜帶者。我們的單引物等溫擴增(SPIA®)技術能夠獲得各種來源的低起始量RNA樣本,并已經在數百篇同行評議的出版物中使用。
使用新的SPIAboost技術提高有效的reads數
Revelo RNA-Seq使用專有的SPIAboost技術有效地了不需要的人源核糖體reads (<1% rRNA reads),提高了去除rRNA的能力。競品T文庫在終文庫中顯示了8-10%的rRNAreads量,而Revelo-Seq中的rRNA讀取量小于1%。這就增加了有reads量,降低了測序成本,簡化了數據分析(見下圖)。
優勢:
? 能夠從低質量和退化的樣品獲得一致的結果
? 有效的DNase處理能夠不需要的gDNA污染
? 高宿主背景和低病毒濃度樣本的高檢測靈敏度
? 人類rRNA消耗以提高有效的reads數
Revelo RNA-Seq可以在一個非常寬的動態范圍內發揮作用,并在遠低于競爭對手檢測閾值的濃度水平下持續有效
檢測靈敏度和覆蓋范圍的病毒載量顯示在這里(見上圖)。結果成功地證明,Revelo RNA-Seq對SARS-CoV-2的檢測靈敏度高,可低至500個病毒拷貝。
對于競品試劑盒,病毒覆蓋率急劇下降,即使病毒拷貝數高達20萬。
總結
Revelo RNA- seq試劑盒是一個完整的轉錄組解決方案,專為從人類樣本中擴增致病毒RNA而設計,可實現從樣本到測序儀只需6.5h的快速實驗流程(包括文庫定量)。Revelo RNA-Seq是一個完整的轉錄組方案,被優化用于檢測來自降解樣本的稀有且低豐度的轉錄本。該文庫制備試劑盒集成了一系列新技術,用于起始量低至250 pg的降解樣品的“端到端”處理。
? 新的SPIAboost技術改進了人源rRNA去除方法,以限度地提高有效測序reads
? 酶切片段化用于高效的樣本制備
? UDI接頭增加解決index hopping問題
? DimerFree® 技術消除引物二聚體問題,且無需接頭稀釋
? NuQuant®文庫定量可代替昂貴且耗時的定量方法,如qPCR。使用一種簡單的熒光定量儀如Qubit或任何標準的讀板儀,文庫可以在幾分鐘內被定量
? DreamPrep NGS工作站的自動化腳本已“準備就緒”
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