2019年12月開始的新型冠狀病毒肺炎(NCP)正在國內大規模流行，成為影響全社會的公共衛生事件。國內的科研機構迅速行動，在短時間內獲得了新型冠狀病毒(SARS-Cov-2)的全基因組序列。無論是從的角度還是從流行病學的角度來說，對于疑似病例的診斷都有著極其重要的意義。

  來自武漢和廣州的研究人員報道了他們用高通量測序技術(NGS)從2名武漢大學中南醫院疑似患者的支氣管肺泡灌洗液(BALF)中鑒定SARS-Cov-2的過程，并發表在了一期的Emerging Microbes & Infections上。

  和現在的核酸檢測手段——RT-PCR相比，NGS有著不可替代的優勢。RNA-Seq可以檢測生物體內的“組”，如RNA病毒、DNA病毒、細菌、真核生物等，因為除朊病毒外的病原體都可以表達RNA。RNA-Seq不可以檢測，而且還能揭示病原體豐度、變異情況、基因表達等信息。

  目前，NCP病死率比較高的患者主要分為兩類：老年人和有基礎病的患者。有基礎病的患者SARS-Cov-2之后可能會加重基礎病，例如繼發細菌，從而使病情惡化。有些患者的免疫反應非常強，過激的炎癥因子風暴非常危險。上一段中提到的RNA-Seq的優勢此時就能幫助醫療人員判斷病情，提供個性化。

  患者1為39歲男性，患者2為21歲女性。2名患者入院后接受了進行了影像學檢測，結果顯示，2名患者的肺部均可能發生了病毒。隨后的常規抗病毒和抗并未緩解其癥狀。這之后，2名患者接受了常規病原檢測，均為陰性。RT-PCR檢測顯示發現的病毒與SARS-Cov無關。

  在常規病原檢測的同時，研究者收集了2名患者的BALF，從中提取了總RNA，用NuGEN的Trio RNA-Seq建庫試劑盒進行了文庫構建，并在MiSeq上進行PE150測序，在24 h內各獲取了2名患者的7.34M和4.52M reads。生物信息學分析發現，2名患者的幾乎全部病毒reads(分別為99.9%和99.7%)都屬于SARS-Cov-2。進一步分析發現，雖然數據中存在單核苷酸多態性(SNP)，但2名患者所的是同一冠狀病毒，被分別命名為SARS-Cov-2毒株WHU01和WHU02。

  來自武漢和廣州的研究人員報道了他們用高通量測序技術(NGS)從2名武漢大學中南醫院疑似患者的支氣管肺泡灌洗液(BALF)中鑒定SARS-Cov-2的過程，并發表在了一期的Emerging Microbes & Infections上。

  此文章使用NuGEN Trio建庫試劑盒特點：

  1. 500pg-50ng total RNA起始;

  2. SPIA擴增技術可以擴增步驟去除宿主rRNA并具有高度保真性，放大病源信息;

  3. Anydeplete技術進一步去除rRNA;

  4. Dimerfree技術避免接頭二聚體污染;

  5. 有單端96個index及雙端96個dual-index，dual-index可以避免index-hopping。

  參考文獻：

  Liangjun Chen, Weiyong Liu, Qi Zhang, Ke Xu, Guangming Ye, Weichen Wu, Ziyong Sun, Fang Liu, Kailang Wu, Bo Zhong, Yi Mei, Wenxia Zhang, Yu Chen, Yirong Li, Mang Shi, Ke Lan & Yingle Liu (2020) RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak, Emerging Microbes & Infections, 9:1, 313-319, DOI: 10.1080/22221751.2020.1725399